Som national it-sikkerhedsmyndighed er det Center for Cybersikkerheds opgave at sikkerhedsgodkende og føre tilsyn med klassificerede produkter, systemer og installationer inden for informations- og kommunikationsteknologi. Med opgaven som national it-sikkerhedsmyndighed følger også, at centeret er it-sikkerhedsmyndighed i relation til EU og NATO.

Danmarks forpligtelse til at sikkerhedsbeskytte klassificerede informationer består i forhold til Den Nordatlantiske Traktats Organisation (NATO) og Den Europæiske Union (EU) samt i forhold til andre internationale traktater og national lovgivning.

Forsvarets Efterretningstjeneste er national it-sikkerhedsmyndighed. Politiets Efterretningstjeneste varetager funktionen som national it-sikkerhedsmyndighed inden for Justitsministeriets område.

Som national it-sikkerhedsmyndighed – og herunder også nationalt kompetencecenter for cybersikkerhed – varetager centeret en række opgaver af både forebyggende og afhjælpende karakter.

Dette indebærer blandt andet oplysning, vejledning og rådgivning af danske myndigheder og virksomheder i at styrke cybersikkerheden, så risikoen for cyberangreb mindskes og – såfremt angreb er lykkedes – imødegås på den mest hensigtsmæssige måde. I forlængelse heraf har centeret en systematisk dialog med bl.a. statslige myndigheder, brancheorganisationer og større virksomheder inden for de sektorer, der beskæftiger sig med samfundsvigtige funktioner.